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和总部的所属部队一样由较少人数（3到20人）组成。部队名由[部队区分][排序]-[数字](昵称)构成。
回收部队い-3(“白足猫”) - 负责SCP的回收工作。
机动部队ろ-5(“阴阳师”) - 財団施設内で収容違反が発生した際のオブジェクトの再収用或いは破壊。
机动部队ろ-12(“魔境公寓”) - 骨董、切手、古書など、趣味的収集の対象物の姿を取るオブジェクトの捜索回収、研究を広範に担当する。SCP-1961-JPの再発見に備えた監視などに従事。
机动部队は-4(“宝石小偷”) - 负责宝石・重金属的回收。
机动部队に-8(“地区的猫”) - 负责市街地内活动的部队。SCP-408-JPなどの対処に投入された。
机动部队ほ-2(“忍者狸”) - 负责渗透入市民，进行项目的搜索回收，谍报活动，破坏活动和暗杀的部队。
机动部队へ-1(“冬眠苏醒之熊”) - 负责进入类似SCP-390-JP-1一样容易进入的项目内部捕捉一般市民的部队。
法令部队と-1 (“被告人”) - 主に異常な物品や異常な土地の管理権を財団へと移動させる、財団管理下での業務中の止む無く法を犯した財団職員やフロント企業の救助、及び協力を中心に活動を行う法律の専門家や経験豊富な弁護士を集めた部队。現在はSCP-535-JPに関する裁判への出席、及び勝訴に向けた活動も行っている。
机动部乙-ち(“猎兔”) - 负责处决野生的SCP-030-JP。
部队り
机动部队ぬ-9(“夜间工事”) - 负责SCP-138-JP周边的封锁。
机动部队る-9(“驱蚊之火”) - SCP-510-JP-aを活用する実験的な部队。狙撃による攻撃と、蚊の殺害を目的とする。サイト内の害虫防除や、SCP-143-JPなどの蚊に関連する異常存在への対応に従事している。
机动部队を-1(“駆除業者”) - SCP-673-JPの処理を担当する。
机动部队わ-8(“海兵隊”) - SCP-759-JPの実験に従事していた事が確認されている。
机动部队か-4(“宝石收集家”) - 负责SCP-169-JP-A出现时对其进行无力化。
部队よ
机动部队た-12(“拾栗”) - 负责搜索和驱逐野生的SCP-133-JP。
机动部队た-23(“编辑者”) - 负责隐蔽有关SCP-085-JP的情报。
机动部队れ-3(“拼车”) - SCP-867-JPの実験に従事していた事が確認されている。
部队そ
机动部队丁-つ(“饭后一副药”) - 负责治疗濒死的SCP-026-JP和其排泄物的处理。
部队ね
机动部队丙-な号(“熊之游骑兵”) - 负责回收SCP-361-JP并辅助实验。
部队ら
机动部队む-2(“呼唤风暴之男”) - SCP-058-JPの回収、輸送。
部队う
机动部队ゐ-33(“鳗鲶球”) - 负责海洋性SCP项目的回收和海上基金会设施的警备。
警备部队の-4(“怪兽家长”) - 財団フロント「学校法人プリチャード学院」内で教職員に偽装し警备を担当。
部队お
部队く
部队や
机动部队ま-2ま-2(“壁橱探险队”) - 负责异次元探索，现阶段投入针对SCP-233-JP的探索。
机动部队け-21（“盟军敢死队”） - SCP-942-JP内部の調査に従事していた事が確認されている。
部队ふ
部队こ
部队え
部队て
机动部队あ-4(“擦黑板者”) - 负责有关SCP-096-JP事件的对策和处理。
机动部队さ-11(“MAC-10冲锋枪”) - SCP-1031-JPの影響による暴動が発生した場合の対処。
机动部队き-3(“機械白痴”) - 緊急時、影響を受ける可能性のある収容済みの低脅威度SCPオブジェクトの停止及び破壊。
机动部队ゆ-5(“机关人偶”) - SCP-501-JP下のサイトに対しドローンを用いて侵入を試みている。ロボットやドローンを用いた作戦に投入される。
机动部队め-4(“服务器消防员”) - 负责回收SCP-185-JP所保存的媒介。
部队み
机动部队し-1(“克力架”) - SCP-1011-JPの接収及び生産者の捕縛・掃討。
部队ゑ
部队ひ
机动部队も-9(“首都猎人”) - 负责首都圈内搜索和回收潜在的SCP项目以及调查需要注意的团体。
部队せ
部队す
部队ん
机动部队Upsilon-91(“We'll not meet again”) - SCP-1334-JPに対する警戒識別を管轄。日本支部外の部队。
机动部队Stigma-7（“神圣灭火”） - SCP-562-JPの警备およびSCP-562-JP-1の終了を担当。日本支部以外の所属か。
轨道机动部队マー-111(“重力井打水桶”) - 地球の熱圏から低軌道にかけてを活動範囲とする軌道机动部队。SCP-1334-JP-1268の収容作戦に参加。日本支部外の部队。
